ชลิตรัตน์ จันทรุเบกษา เกิดเมื่อวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2507 ที่เขตบางเขน กรุงเทพมหานคร[2] เป็นบุตรของพลอากาศเอกชนินทร์ จันทรุเบกษา (เป็นหลานของพลอากาศเอก บุญชู จันทรุเบกษา) กับนางปาลีรัฐ จันทรุเบกษา สำเร็จการศึกษาชั้นประถมศึกษา และมัธยมศึกษาจากโรงเรียนวชิราวุธวิทยาลัย จบการอาชีวศึกษา และด้านด้านคอมพิวเตอร์ จากประเทศออสเตรเลีย สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี ด้านรัฐศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยรามคำแหง และผ่านการอบรมหลักสูตรการบิน จากกองทัพอากาศ และจากสถาบันการบินพลเรือน